以前にも記載した通りですが、
git init はリポジトリを新規に作成する時に使用するコマンドです。
以下、以前記載、
$git init・・・・・現在のディレクトリ以下がgitで管理される
or
$git init (ディレクトリ名)・・・・・(ディレクトリ名)で指定したディレクトリ以下がgitで管理される
ちなみに、現在のディレクトリのgit管理状況を知りたい場合には、
$git remote・・・・・リモートリポジトリの名前（通常は「origin」）を表示します。
$git remote -v・・・・・リモートリポジトリの名前と場所（URL）を表示します。取得用の場所（fetch）と送信用の場所の場所（push）をそれぞれ表示しますが、通常は同じ場所を使用します。
作業開始時のはじめに、
（１）git init
し、その後、自分のコンピュータ上のgitリポジトリをgithub上のリポジトリにあげるためには、初回は、
（２）git remote add origin https://github.com/
（<your-github-username>:githubアカウント作成時のユーザ名）
としてリモートリポジトリのURLにoriginという名前を付けてから、
（３）git push -u origin master
で、自分のコンピュータ上のgitリポジトリをgithub上のリポジトリにあげるということです。
その後、変更ごとにあげるときには、
（２）git add ファイル名 .(すべてのファイルの時はgit add --all .)
（３）git commit -m "変更内容などのわかるメッセージ"
（４）git push
とすればいいようです。
エリア的には、
作業フォルダ
→(2)→ステージングエリア
→(3)→ローカルリポジトリ
→(4)→リモートリポジトリ
とデータが移り変わっていくようです。
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